Територія сучасної Боярки заселена здавна. Поблизу міста виявлено поселення скіфських часів (VIII—VII ст. до н. е.). Збереглися залишки невеликого слов’янського городища (замковища) часів Київської Русі.
Це замковище Будаївка — фортифікаційна споруда, що є пагорбом, на якому зараз стоїть місцева Свято-Михайлівська церква і розміщений старий цвинтар. Розмір, форма, навіть те, що городище з усіх боків омивається водою, є свідченням штучного походження пагорба, та дає підстави вважати його оборонною спорудою для захисту від ворогів. Це городище охороняється державою, як історична пам’ятка.
Замковище перейшло у спадок Києво-Печерському монастирю. Тут існував Лаврський двір з келіями і дерев’яною церквою. Документи повідомляють, що тут мешкали лаврські посполиті в кількості 131 особа, а навколо протягався Лаврський бір.
Біля городища розрослося село Будаївка, згадка про яке в історичних документах відноситься до початку XVI ст. Тоді ця територія перебувала під владою Великого князівства Литовського, а після Люблінської унії 1569 року воно увійшло до складу Речі Посполитої. Будаївку на деякий час захопили князі Корецькі, які володіли Білогородкою. Після обстеження будаївських земель князь Острозький зробив опис і в 1586 році король Речі Посполитої Стефан Баторій повернув землі Києво-Печерському монастирю, які були у їх володінні з 1159 року згідно Ставропігійної грамоти підпиманої князем Андрієм Боголюбським
Згідно з Андрусівським договором поляків та московитів, 1667 року село закріплено за Лівобережною Гетьманщиною й увійшло до складу Київського полку.
Як випливає з документів першої половини та середини XVIII століття, всі села навколо Будаївки належали київським монастирям. Точно невідомо, коли і за яких обставин вона увійшла або повернулася до володінь Києво-Печерської лаври. Їх регіональним центром було місто Васильків. Будаївка належала підрозділу Києво-Печерської лаври — Больницькому монастирю при Троїцькій Надбрамна церкві. У першій половині XVIII століття село почало відроджуватися, зокрема, на пагорбі-дитинці над річкою Притвіркою з’явилася церква на честь Воскресіння Господнього. 1745 року є відомості про наміри щодо її побудови, а 1756 року була проведена інвентаризація нової церкви. Щоправда, перший постійний священик з’явився близько 1757 року; ним став киянин Федір Каленівський. Про зовнішній вигляд церкви ніяких відомостей не збереглося. Вже через 10 років Будаївська церква згадується під назвою св. Жінок-Мироносиць.
Відповідно до опису 1781 року, у Будаївці було 22 хати; з них 20 хат посполитих, 1 попівська хата й 1 дяківська. Був також «лаврський двір» з келіями і дерев’яною церквою, яка домінувала над селом. «Посполитих лаврських», тобто мешканців, у Будаївці була 131 душа; з них 86 чоловіків та 45 жінок. За описом 1787 року, тут було вже 104 «казенних людей».[9] Києво-Печерській лаврі належала не тільки Будаївка, але і ліс, що її оточував: «Со всех сторон стоит лаврський бор, окружностью в 8 верст».
Володарем села була — Києво-Печерська лавра. Після секуляризації монастирських земель, Будаївка стала державним селом.
Нова сторінка життя Будаївки розпочалась з будівництва у 60-х роках XIX ст. залізниці Київ-Фастів, що проходила повз село Будаївку.
З часу встановлення радянської влади, з 1921 по 1923 роки — Будаївка є центром Будаївської волості Київського повіту. У 1923—1930 роках — центр Будаївського району. 1930 року Боярка-Будаївка входить до Київської міськради, згодом — до Київського району, який 1944 радянська адміністрація перейменувала у Києво-Святошинський.
13 листопада 2016 року Блаженніший Макарій, Митрополит Київський і всієї України, Предстоятель УАПЦ освятив новозбудовану каплицю Воскресіння Господнього, яка була збудована завдяки старанням благочинного Київського деканату митр. прот. Димитрія Присяжного та громади УАПЦ Боярки.
